Nói chung con người luôn có khuynh hướng tin vào nhận thức giác quan của mình, mặc nhiên cho rằng nhận thức ấy là chính xác như thật, chẳng chút thắc mắc. Chúng ta luôn ngây thơ tin rằng mình thấy sao thì sự việc phải đúng là như vậy. Vì vậy khi thấy tất cả mọi sự vật, kể cả chính mình, có vẻ như có một thực tại khách quan, chúng ta vội vã tin ngay rằng sự vật thật sự có thực tại khách quan. Chỉ khi nào chịu khó phân tích kỹ lưỡng mới thấy sự thật không phải như mình thấy, mới thấy nhận thức của mình về thế giới khách quan thật ra không trung thực chút nào.
Như đã nói trong phần trước, kinh nghiệm giác quan chúng ta hình thành từ sự gặp gỡ của ba yếu tố chính: giác quan, đối tượng của giác quan, nhận thứci. Nhận thức đối tượng đưa đến sự đánh giá chủ quan: thấy sự vật ấy dễ chịu hay khó chịu. Rồi dựa vào đó mà gán ghép những tính chất tốt hay xấu lên sự vật, rồi lại cho sự tốt xấu đó là tính chất khách quan sẵn có của sự vật. Dựa trên phóng ảnh này, phản ứng tình cảm có khi dấy lên mãnh liệt. Chúng ta bực bội khó chịu trước những đối tượng mà chúng ta cho là xấu xa đáng ghét và quyến luyến ham muốn những điều chúng ta cho là tốt lành đáng ưa. Nhưng, như đã nói, đối tượng vốn không có thực tại cố định nào để ấn định tính chất “đáng ưa”. Tính chất đáng ưa nói cho cùng chỉ là cảm nhận chủ quan. Nên thử tự xét kinh nghiệm của mình trong những lúc tình cảm dấy lên mạnh mẽ nhất, vì những lúc đó ý thức về ngã đặc biệt sắc nét, rất dễ nhận thấy.
Theo quan điểm Duy thức, tất cả những gì gọi là có thực tại khách quan, có thật ở bên ngoài, nói cách khác, tất cả mọi đối tượng, thật ra chỉ là phóng ảnh của tâm, của chủ thể. Như vậy chủ thể và đối tượng nói cho cùng vẫn chỉ là một. Nhìn trên khía cạnh thực tế, quan niệm này rất hữu ích: thấy các tính chất ở đối tượng thật ra chỉ là phóng ảnh của tâm thì sẽ dễ giảm bớt lòng quyến luyến ngoại cảnh.
Vậy Duy thức phủ nhận hiện hữu của cái tôi và của ngoại cảnh khách quan, nhưng vẫn khẳng định kinh nghiệm chủ quan là có thật. Nói cách khác, Duy thức khẳng định tâm có thật. Các vị đại sư tông Duy thức cho rằng nếu Tâm không có thật, sẽ không còn cơ sở nào để phân biệt thiện ác, tốt xấu. Các thầy cũng cho rằng các hiện tượng khi hiện hữu bắt buộc phải có một nền tảng khách quan chắc thật để lưu ký chức năng riêng. Hơn nữa, Duy thức cho rằng mọi sự mọi vật không hoàn toàn do tâm tạo dựng. Bằng không trắng có thể biến thành đen và đen thành trắng tùy theo ý nghĩ của con người. Thực tế không như vậy, nên Duy thức cho rằng phải chấp nhận thế giới chủ quan nội tại là có thật, chấp nhận cảnh giới của tâm thức là có thật. Vì vậy Duy thức tông cho rằng cách trình bày về tánh không của hệ kinh Bát nhã không thể hiểu theo nghĩa đen. Những câu như “không sắc thọ tưởng hành thức” [sắc tướng, cảm giác, ấn tượng, diễn biến tâm lý, chủ thức] nếu hiểu theo nghĩa đen sẽ rơi vào đoạn kiến, mâu thuẫn với nhân quả.
Giải thích về không bát nhã của tông Duy thức chủ yếu dựa lên kinh Giải thâm mậti (Samdhinirmochana-sutra), đặc biệt dựa trên thuyết gọi là “ba tánhii”. Thuyết này giải thích sự vật có ba tính chất chính. Tánh tùy thuộciii, nghĩa là các hiện tượng do yếu tố nhân duyên hòa hợp mà thành. Rồi dựa trên nền tảng duyên sinh này, chúng ta lầm lẫn gán ghép một thực tại độc lập vào các hiện tượng, đây là tánh giả lậpiv, là những gì hiện ra trong tâm chúng ta và chúng ta lầm cho là thật. Cuối cùng là tánh viên thànhv, là sắc thái vắng bặt vọng chấp, nói cách khác, là tánh không.
Vì tất cả mọi sự mọi vật đều mang đủ ba tánh như nói trên, nên Duy thức cho rằng chữ không-có-tự-tánh trong hệ kinh Bát nhã có nhiều nghĩa, tùy đang nói đến tánh nào. Theo Duy thức, nói hiện-tượng-tùy-thuộc không có tự tánh là vì đã tùy thuộc thì không độc lập khởi sinh, nói cách khác, không tự mình sinh ra mình. Nói hiện-tượng-giả-lập không có tự tánh, là vì không có sắc thái cố định; sắc thái của hiện tượng chỉ do tâm động mà thành. Sau hết, nói hiện-tượng-viên-thành không có tự tánh, là vì không trú ở thực tại tuyệt đối, nói cách khác, ngay chính tánh không cũng không có thực tại khách quan tuyệt đối. Duy thức dùng thuyết ba tánh để giải thích ý nghĩa của hệ kinh Bát nhã.
Từ đó, Duy thức chia kinh Phật thành hai loại: kinh mang ý nghĩa rốt ráo [liễu nghĩa], có thể hiểu theo nghĩa đen, và kinh mang ý nghĩa giai đoạn [bất liễu nghĩa], không thể hiểu trực tiếp theo nghĩa đen mà phải giải thích mới có thể thâm nhập được nghĩa lý của kinh. Sau khi phân tích đánh giá kỹ lưỡng, nếu ý nghĩa của giáo pháp vẫn trong sáng rõ ràng – ít ra là qua sự phân tích đánh giá của các vị trong Duy thức – thì đó là kinh nghĩa rốt ráo. Còn giáo pháp mâu thuẫn với quan niệm của Duy thức tông về ý thật của Phật thì được xếp vào loại kinh cần lời giải thích.
Trong Duy thức có một bộ phái rất quan trọng, gọi là “người theo khế kinh”i. Phái này phủ nhận khái niệm về cái tôi vĩnh cửu, nhưng công nhận a lại da thứcii (alaya vijnana) là cái tôi chân chính, là nền tảng của cái tôi. Các vị chủ xướng tông phái này cho rằng nếu cái tôi được nhận diện qua các thức thô lậu, sẽ có những lúc không thể nào giải thích nổi hiện hữu của con người, ví dụ như khi bất tỉnh, khi ngủ say, hay khi tham thiền nhập định đạt đến trạng thái vắng bặt mọi hoạt động tâm thức. A lại da thức giúp Duy thức khẳng định về thực chất của con người một cách quân bình hơn. Thêm vào đó, a lại da thức cũng là nơi lưu ký bốn tiềm năng (20) và cũng là nơi nghiệp lưu ký lại. Ý tưởng hư vọng “tôi là” dấy lên từ nền tảng của a lại da thức được gọi riêng là mạt na thứciii. Vì vậy có vị thầy Duy thức cho rằng có tám loại thức: năm thức liên quan đến năm giác quan, cùng với ý thức, mạt na thức và a lại da thức.
i Thường gọi là căn, trần, và thức.
iAnh ngữ: Sutra Unraveling the Thought of the Buddha.
ii Anh ngữ: three natures.
iii Còn gọi là y tha khởi tánh. Anh ngữ: dependent nature.
iv Còn gọi là biến kế chấp tánh. Anh ngữ: imputed nature.
v Còn gọi là viên thành thật tánh. Anh ngữ: ultimate nature.
i Một bộ phái Duy thức, tiếng Anh gọi là “followers of scripture” –
tạm dịch theo sát nghĩa là "người theo khế kinh".
ii A lại da thức: còn gọi là bản thức.
iii Mạc na thức, có nghĩa là thức hư vọng. Còn gọi là vọng thức.