Trước đây tôi có nói rằng, ngay trong trường phái Trung quán cũng đã có hai cách hiểu khác nhau về tính không, và tôi cũng đã nói sơ qua sự khác nhau như thế nào giữa phái Trung quán Y tự khởi (Madhyamaka-svatantrika) và phái Trung quán Cụ duyên (Madhyamaka-Prasangika). Sự chấp nhận khác biệt này được dựa trên các trước tác của ngài Thanh Biện,[81] một trong những luận sư chính xiển dương giáo pháp của ngài Long Thụ. Ngài Thanh Biện là người đẩy các trường phái Duy thật vào một sự khảo hạch rất khắt khe nhưng đồng thời cũng phê phán luận giải của ngài Phật Hộ (Buddhapalita) về ngài Long Thụ. Quan điểm riêng của ngài Thanh Biện nổi bật lên qua hai sự phê phán này. Về cơ bản, Ngài cho rằng mặc dù các phái Duy thật và ngài Phật Hộ phủ nhận sự tồn tại tuyệt đối, nhưng họ thật ra vẫn chấp nhận các sự vật và hiện tượng là có một dạng tự hữu và khách quan nào đó, là điều mà các đại sư phái Trung quán Cụ duyên như ngài Nguyệt Xứng đã hoàn toàn phủ nhận. Như vậy, mặc dù các ngài Nguyệt Xứng, Phật Hộ và Thanh Biện đều là các luận sư chính yếu nối dòng của ngài Long Thụ, nhưng vẫn có sự khác biệt quan trọng trong cách hiểu của mỗi vị về triết lý tính không của ngài Long Thụ. Chính vì sự khác biệt này mà các học giả Phật giáo Tây Tạng phân biệt hai chi phái thuộc Trung quán tông, với tên gọi là Y tự khởi phái và Cụ duyên phái.
Hai phái này cũng khác nhau về phương pháp luận. phái Cụ duyên nhấn mạnh rất nhiều vào kiểu lập luận chủ yếu dựa theo sự phán xét kết quả.[82] Phương pháp luận của họ không dùng nhiều lập luận để tự khẳng định mà chủ yếu là tập trung chỉ ra những mâu thuẫn nội tại trong quan điểm của đối phương. Ngược lại, phái Y tự khởi có khuynh hướng sử dụng kiểu suy diễn theo Tam đoạn luận3 để xác lập quan điểm riêng của mình.
Ngoài ra còn có sự khác nhau cơ bản giữa ngài Thanh Biện và ngài Nguyệt Xứng về cách thức các giác quan nhận biết đối tượng vật chất. Ngài Thanh Biện cho rằng khi một nhận thức hình ảnh khởi lên là ta đang nhìn thấy sự trình hiện của một thực thể khách quan, vì ngài chấp nhận rằng sự vật quả thật có một mức độ của tính khách quan để rồi sau đó được hình dung hóa lên nhận thức. Điều này bị phủ nhận hoàn toàn bởi phái Cụ duyên của ngài Nguyệt Xứng. Do đó, rõ ràng điểm khác biệt quan trọng nhất giữa hai chi phái của Trung quán tông là ở chỗ người ta có chấp nhận bất kỳ một ý niệm nào đó về tính tự hữu hay không.
