Các kinh Nguyên thủy nhấn mạnh về việc thanh lọc tâm ý qua ba giai đoạn tu học giới, định, huệ. Tu thiền hay hành thiền chính là điều phục và thanh lọc tâm ý. Kinh Pháp Cú (Dhammapada) một kinh thông dụng nhất trong Phật giáo Nam tông, mới vào đầu, phẩm thứ nhất Song Yếu (Yamakavagga) đã nói ngay về tâm, tâm là chủ các pháp. Kế đến phẩm thứ ba là phẩm Tâm (Cittavagga) cũng dạy về tâm, cách an trú và điều phục tâm. Tiếp theo là Trung Bộ kinh (Majjhima Nikaya) một kinh được xem là quan trọng nhất trong hệ Nikaya, trong đó đức Phật chỉ dạy rất nhiều về cách thức tu hành để thanh tịnh tâm. Thí dụ như trong kinh Ước Nguyện (kinh thứ 6), Phật dạy ước nguyện của hàng tỳ kheo là phải viên mãn giới luật, nội tâm tịch tĩnh, tu tập thiền định, thành tựu quán hạnh, thích trụ tại nơi không tịch. Trong kinh Ví dụ tấm vải (kinh thứ 7), Phật ví dụ tâm như một tấm vải. Một tấm vải sạch khi được nhuộm sẽ có màu đẹp. Một tấm vải cấu uế khi nhuộm sẽ không đẹp, màu không sạch sẽ. Cấu uế của tâm gồm có: tham dục, sân, phẫn, hận, hư ngụy, não hại, tật đố, xan tham, man trá, cuống, quá mạn, kiêu, phóng dật. Hàng tỳ kheo phải diệt trừ cấu uế của tâm. Trong kinh An trú tầm (kinh thứ 20), đức Phật dạy năm phương pháp diệt trừ các tư tưởng khởi lên trong tâm liên hệ đến tham dục, sân hận, và si mê. Trong kinh Trạm Xe (kinh thứ 24), nói về bảy giai đoạn thanh tịnh tâm ý; bảy giai đoạn này được ngài Buddhagosa phát triển sau này thành bộ Thanh tịnh đạo (Visuddhimagga), một bộ luận rất uy tín của Phật giáo Nguyên Thủy. Trong Tiểu kinh xóm ngựa (kinh thứ 40), Phật giải thích con đường chân chánh của sa môn không tùy thuộc vào việc mang y hay thực hành khổ hạnh mà tùy thuộc vào việc đoạn trừ các ô nhiễm nội tâm. Trong kinh Nhất dạ hiền giả (kinh thứ 131), Phật dạy cách an trú trong hiện tại, không khởi tâm ràng buộc quyến luyến về quá khứ, không mơ tưởng đến tương lai, đó gọi là người biết sống một mình. Ở đây tôi chỉ đơn cử sơ vài kinh, nếu muốn biết kỹ hơn thì độc giả nên tìm đọc năm bộ kinh Nikaya: Trường Bộ, Trung Bộ, Tương Ưng Bộ, Tăng Chi Bộ, và Tiểu Bộ.

Sau đây chúng ta xét qua vài kinh thông dụng trong Phật giáo Đại thừa như: Kim Cang, Lăng Nghiêm, Pháp Hoa, Niết Bàn, Hoa Nghiêm. Những kinh này đều nói về tâm.

Trong kinh Kim Cang, duyên khởi của kinh là ngài Tu Bồ Đề (Subhuti) hỏi Phật hai câu quan trọng: “Bạch Thế tôn! Nếu có người phát tâm bồ đề cầu quả Phật thì làm sao hàng phục vọng tâm? Và làm sao an trụ chân tâm?” Người phát tâm bồ đề cầu quả Phật tức là bồ tát. Bồ tát muốn thành Phật thì phải độ vô lượng chúng sinh. Khi độ chúng sinh thì phải thực hành lục độ tức là bố thí, trì giới, nhẫn nhục, tinh tấn, thiền định, trí huệ. Để trả lời câu hỏi của Tu Bồ Đề, đức Phật dạy: “Hàng Bồ tát độ vô lượng vô biên chúng sinh vào Niết bàn, nhưng không thấy có một chúng sinh nào được độ” và “Bồ tát tu pháp bố thí, không nên trụ chấp các tướng như sắc, thanh, hương, vị, xúc, pháp” nghĩa là Bồ tát không chấp ngã (khi độ sanh) không chấp pháp (khi bố thí); đó là phương pháp “hàng phục vọng tâm” mà cũng là “an trụ chân tâm”. Vọng tâm và chân tâm sẽ được bàn đến ở chương sau.  Ở đây chỉ muốn nhấn mạnh là kinh Kim Cang dạy hành giả phải tu tâm. Và tu tâm chính là tu tập vô ngã (không chấp ngã), không thấy Ta đây là người độ sinh, và chúng sinh kia là người được độ. Ngoài ra kinh Kim Cang còn nói đến sự không chấp pháp, tức là tâm không trụ trước, dính mắc vào tất cả sắc tướng, lục trần. Cũng là pháp tu vô ngã, nhưng cách tu của kinh Kim Cang hơi khác với cách tu của Nam tông như kinh Vô Ngã Tướng. Tu vô ngã của Nam tông là hướng về năm uẩn, quán chiếu ngay nơi bản thân của hành giả. Trong khi tu vô ngã của kinh Kim Cang là hướng ngoại, hướng về chúng sinh mà hành các hạnh bồ tát. 

Kinh Lăng Nghiêm là một kinh đặc biệt đức Phật chỉ dạy về tâm (hay chân tâm). Chúng sinh do không ngộ được chân tâm nên muôn kiếp làm chúng sinh, trầm luân trong biển khổ sinh tử. Chư Phật đã thoát ly sinh tử, thần thông tự tại, trí tuệ vô ngại, đều do các ngài đã ngộ được chân tâm. Duyên khởi kinh này là ngài A-Nan, lúc đó mới chứng quả Tu-đà-hoàn, nên còn phiền não lậu hoặc, khi đi khất thực bị một thiếu nữ ngoại đạo tên là Ma-đăng-già (Matanga) đem lòng yêu mến, dùng thần chú của Sa-tỳ -ca- la tiên bắt vào phòng, dùng lời dịu ngọt, vuốt ve dụ dỗ. Ngài A-Nan tuy bị nạn, nhưng tinh thần còn tỉnh táo, hết lòng niệm Phật cầu cứu. Đức Phật ở xa biết, bèn nói thần chú Thủ Lăng Nghiêm, sai Bồ tát Văn Thù đem thần chú đi cứu A-Nan. A-Nan thoát nạn, cầu Phật chỉ dạy phương pháp nào mà mười phương chư Phật đã tu hành và chứng quả. Đức Phật dạy phải ngộ được chân tâm. “Nếu ngộ được chân tâm thì thành Phật. Ngộ được chân tâm như người thức giấc mộng; không ngộ được chân tâm như người còn ngủ chiêm bao. Đây là phương pháp duy nhất mà mười phương chư Phật tu hành đã được thành đạo chứng quả.”

Kinh Pháp Hoa là kinh thường được nhiều người trì tụng. Đại ý kinh này là chư Phật ra đời chỉ vì một việc trọng đại duy nhất, đó là khai thị cho chúng sinh ngộ nhập tri kiến Phật. Trước kia tuy Phật có giảng về ba thừa (Thanh văn, Duyên giác, Bồ tát) nhưng đó chỉ là phương tiện khai tam hiển nhất, tạm nói ba thừa để quy về một thừa, đó là Phật thừa. Khai là mở bày, thị là chỉ dạy, ngộ là nhận hiểu, nhập là đi vào. Tri kiến Phật là cái biết, cái thấy của Phật. Tri kiến Phật tức là Phật tánh. Muốn thành Phật thì phải nhận ra Phật tánh trong tâm, tin mình có Phật tánh, và phát bồ đề tâm. Trong phẩm Ngũ bách danh đệ tử thọ ký, Phật tánh được ví dụ như viên ngọc quý được gài vào chéo áo của người bạn sau bữa tiệc rượu. Người này sau khi tỉnh rượu không biết là mình có viên ngọc quý nên phải sống đời cơ hàn, nghèo túng. Cũng thế, chúng sinh trôi lăn nhiều kiếp trong sinh tử luân hồi, quên mất là mình có Phật tánh. Phật tánh chính là chân tâm, cái tâm thanh tịnh từ ngàn xưa (bổn lai thanh tịnh).

Kinh Niết Bàn là kinh cuối cùng được Phật thuyết trước khi nhập Niết bàn. Kinh này được xem là bổ túc cho kinh Pháp Hoa. Trong kinh này đức Phật tuyên bố “tất cả chúng sinh đều có Phật tánh” và giảng nhiều về Phật tánh. Cũng trong kinh này, Phật nói về bốn đức tính của Niết bàn hay Pháp thân là: thường, lạc, ngã, tịnh. Chữ ngã ở đây không phải là cái Ta theo nghĩa thế gian mà đó là pháp thân tự tại, giải thoát. Pháp thân thọ mạng vô cùng vô tận nên gọi là thường. Niết bàn là trạng thái an vui, không có khổ sinh tử nên gọi là lạc. Niết bàn là pháp thân thanh tịnh, không phải là thân tạp thực ô uế, nên gọi là tịnh.

Kinh Hoa Nghiêm là bộ kinh vĩ đại nhất của Đại thừa. Kinh này được nói ngay sau khi đức Phật thành đạo dưới cây Bồ đề. Ngài tĩnh tọa suốt 21 ngày nhập đại định Hải ấn tam muội (sagaramudrasamadhi) để tuyên thuyết Hoa Nghiêm. Thính chúng của pháp hội Hoa Nghiêm không phải là người thường hay hàng nhị thừa mà là các đại Bồ tát, thiên chủ, thiên thần, chủ dạ thần. Thế giới của Hoa Nghiêm hay Hoa tạng thế giới, là thế giới lung linh, kỳ bí, huyền diệu của chân tâm. “Trong thế giới này không có sự khổ đau, không có người lam lũ. Đức Phật nơi rừng Thệ Đà đã hòa nhập vào vũ trụ, mọi thứ đều bừng sáng rực rỡ, lấp lánh, giao thoa lẫn nhau. Đất bằng kim cương, có lưu ly, có pha lê, có châu ngọc, v.v... được gắn lên những hàng cây, rào dậu. Trên không trung có những vầng mây báu, mây điện ngọc trời, mây lưới ngọc, mây hình tượng trời... Ở thế giới này không có bóng tối, chỉ toàn là ánh sáng rực rỡ... phản chiếu.... Các vị Bồ tát trong chúng hội đã thành tựu trí tuệ tối thắng, thành tựu quyết tín vào Như Lai, họ đi vào vô lượng vô biên thế giới, trong tất cả thế giới họ hiện thân vô cùng tự tại, họ thác sinh và biến hóa vô lượng hình tướng, ngay trong một niệm họ diện kiến hết thảy chư Phật trong ba đời, v.v...”. Thế giới của Hoa Nghiêm vô cùng linh động bất khả tư nghì, vượt ngoài tư duy hạn hẹp của một tâm thức chấp ngã, suốt ngày lẩn quẩn chung quanh cái Ta và cái của Ta, lăng xăng lặn hụp trong ái dục và phiền não. Triết lý của Hoa Nghiêm là “tam giới duy tâm”, “nhất thiết duy tâm tạo”, ba cõi Dục giới, Sắc giới, Vô Sắc giới đều phát xuất từ tâm. Trong kinh nói:

                  Tâm như nhà họa sư

                  Hay vẽ những thế gian

                  Ngũ uẩn từ tâm sanh

                  Không pháp gì chẳng tạo.

                  Nếu người muốn rõ biết

                  Tất cả Phật ba đời

                  Phải quán pháp giới tánh

                  Tất cả duy tâm tạo.

Kinh Hoa Nghiêm mầu nhiệm và huyền bí, nói về pháp giới trùng trùng duyên khởi, nhưng tóm lại cũng không nói gì khác ngoài (chân) tâm, thế giới của tâm (Phật), và diệu dụng của tâm.