Mỗi trường phái Phật giáo hiểu về bản chất của phiền não (kleśa) theo cách khác nhau, tùy theo sự diễn dịch của họ về học thuyết vô ngã (antman), hay lý thuyết “phi linh hồn”. Thí dụ, đối với một số trạng thái tâm thức và những ý tưởng, cảm xúc nhất định, trong khi các trường phái Trung quán Y tự khởi (Mdhyamika-Svtantrika)[61] và Duy thức (Cittamtravda) xem là không ảo tưởng thì theo quan điểm của trường phái Trung quán cụ duyên (Mdhyamika-Prsaṅgika) lại xem là ảo tưởng. Dĩ nhiên, đây là một vấn đề rất phức tạp và đòi hỏi nhiều nghiên cứu.
Điều quan trọng nhất cần phải biết là: cảm xúc gây phiền não chính là kẻ thù lớn nhất của ta và là nguồn gốc của khổ đau. Một khi nó phát triển trong tâm thức, nó sẽ lập tức phá hủy sự bình an của tâm thức ta, và cuối cùng sẽ hủy hoại sức khoẻ ta, cho đến ngay cả các mối quan hệ thân thiết của ta với người khác. Tất cả những hành vi bất thiện như giết hại, áp bức, lừa đảo... đều phát sinh từ các cảm xúc gây phiền não. Vì thế, nó chính là kẻ thù thật sự của chúng ta.
Một kẻ thù từ bên ngoài làm hại bạn hôm nay nhưng ngày mai có thể trở nên rất sẵn lòng giúp bạn. Trong khi đó, kẻ thù nội tâm thì mãi mãi gây hại. Hơn thế nữa, dù bạn sống ở bất cứ nơi đâu thì kẻ thù bên trong vẫn luôn có mặt với bạn, và chính điều này làm cho kẻ thù bên trong trở nên rất nguy hiểm. Ngược lại, ta thường có thể giữ một khoảng cách nào đó với kẻ thù bên ngoài. Chẳng hạn, vào năm 1959 chúng tôi đã đào thoát khỏi Tây Tạng vì hành vi cụ thể này là có thể thực hiện; nhưng với trường hợp kẻ thù là cảm xúc phiền não bên trong thì dù tôi ở Tây Tạng, ở điện Potala, ở Dharamsala hay ở Luân Đôn này, bất cứ nơi nào tôi đi đến nó cũng đều theo tôi. Tôi cho rằng kẻ thù bên trong hiện diện ngay cả trong lúc tôi thiền định; và ngay cả nếu như tôi quán tưởng hình ảnh một mạn-đà-la, có lẽ tôi vẫn thấy kẻ thù này ngay nơi trung tâm của hình ảnh đó! Bởi vậy, đây là điểm chính yếu mà ta phải nhận thức được: Nguyên nhân thật sự hủy hoại hạnh phúc của ta luôn hiện hữu ngay bên trong ta!
Vậy ta có thể làm được gì? Nếu như không thể làm gì được với kẻ thù đó và không thể loại trừ nó, thì tốt hơn là chúng ta hãy quên đi con đường tu tập và chỉ nhờ vào những thứ như rượu chè, sắc dục... để làm cho cuộc sống của mình được khá hơn! Tuy nhiên, nếu việc loại trừ kẻ thù cảm xúc phiền não bên trong là có thể làm được, thì tôi nghĩ rằng ta nên nắm lấy cơ hội đang có được một thân người, một khối óc và trái tim tốt đẹp, kết hợp tất cả các sức mạnh này để làm giảm bớt và cuối cùng là nhổ tận gốc rễ của cảm xúc phiền não. Đây là lý do tại sao đạo Phật dạy rằng cuộc sống con người đuợc xem là vô cùng quý báu; vì chỉ có được làm người thì một chúng sinh mới có khả năng rèn luyện và chuyển hóa tâm thức, chủ yếu nhờ vào trí tuệ và lý luận.
Phật giáo phân biệt hai loại cảm xúc. Một loại không hợp lý, và chỉ dựa trên tập khí.[62] Lòng căm thù là một trong các cảm xúc loại này. Tất nhiên là loại cảm xúc này có dựa trên những lý lẽ nông cạn, như là “người này đã xúc phạm tôi kinh khủng...” Nhưng đi sâu vào nội tâm, nếu bạn truy cứu lý do đó xa hơn nữa, bạn sẽ thấy rằng nó không thể đi quá xa. Các cảm xúc không có lý do chính đáng được gọi là cảm xúc tiêu cực. Loại cảm xúc còn lại là cảm xúc hợp lý; vì qua sự quán chiếu sâu sắc bạn có thể chứng minh là nó tốt đẹp, cần thiết, và hữu ích. Trong số các cảm xúc này có tâm từ bi và lòng vị tha. Hơn nữa, mặc dù về bản chất thì đây là một loại cảm xúc, nhưng thật ra nó lại tương hợp với lý luận và trí tuệ. Trong thực tế, chính nhờ sự kết hợp trí tuệ với cảm xúc (loại này) mà ta mới có thể thay đổi và chuyển hóa thế giới nội tâm của mình.
Khi kẻ thù cảm xúc tiêu cực vẫn còn trong ta, và ta vẫn còn chịu sự chi phối của nó, thì không thể có hạnh phúc lâu dài! Hiểu được sự cần thiết phải chiến thắng kẻ thù này là một nhận thức chân thật, và việc phát khởi sự khao khát mãnh liệt muốn vượt qua các cảm xúc tiêu cực chính là nguyện vọng vươn tới sự giải thoát, mà thuật ngữ Phật giáo gọi là xuất thế. Do đó, việc thực hành phân tích các cảm xúc và thế giới nội tâm là rất thiết yếu.
Trong kinh dạy rằng, lòng mong cầu vượt qua cấp độ đầu tiên của đau khổ, tức là “khổ vì đau khổ”[63] thì ngay cả loài vật cũng có được một cách tự nhiên; còn khát vọng tự mình thoát ra khỏi cấp độ thứ hai của đau khổ, tức là “khổ vì sự thay đổi”, cũng không phải là điều chỉ có riêng trong đạo Phật. Nhiều tôn giáo khác thời cổ Ấn Độ cũng tương tự như thế, đã tìm kiếm sự tĩnh lặng nội tâm bằng việc tu định.[64] Tuy nhiên, sự khao khát thật sự hướng đến giải thoát hoàn toàn khỏi luân hồi chỉ có thể sinh khởi từ sự nhận biết được cấp độ thứ ba của đau khổ, tức là “phiền não do duyên sinh”. Khi ấy ta mới nhận biết được rằng: khi còn chịu sự chi phối của vô minh thì vẫn còn phải chịu đựng khổ đau, và sẽ không thể có niềm vui, hạnh phúc lâu bền. Có thể nói rằng, sự nhận biết được cấp độ thứ ba của đau khổ là điều chỉ có duy nhất trong đạo Phật.